Nie każdy probiotyk działa tak samo. Korzystny wpływ na zdrowie jest zależny od konkretnego szczepu bakterii oraz wskazania do jego stosowania. W niektórych sytuacjach probiotyki mogą wspierać funkcjonowanie układu odpornościowego i mikrobioty jelitowej, jednak ich dobór powinien być świadomy i dostosowany do indywidualnych potrzeb.